開発してiOS用に出力(ビルド)→MACのXcodeで出力(ビルド)→iTuneからiPhoneへ送る
といった流れになります。
最近ではXcode7から無料でも鍵の取得や関連づけが行えるようになってるようなので
Xcode7以降が動くMACを持ってる方はMACを使う事をおススメします。
このような通常の出力手順は他のサイトが沢山説明してくれてるので
是非そちらを参考にしてください。
ここではWindowsのみで行う方法について説明してみます。
但し、有料ソフトを使い、iPhoneを脱獄しますので
かなりグレーなのかも(違法なのかも?)しれません。
それでも良ければ、以下自己責任でお願いします。
先ずiPhoneを脱獄。
方法は色々とネットにありますので検索してきてください...。
CydiaでAppSyncをインストールすれば
iTunesからipaファイルを認証されてなくてもインストール可能になります。
次に、必要なXcodeを吸い出してWindowsへ移す為に、1度だけMACを使います。
自分はかなり古いMACなので、最新のXcodeをインストール出来ず
以下のサイトから少し古いXcode7.3をダウンロードして解凍しました。
https://developer.apple.com/downloads/

(ソフトは使えないけどHDDに解凍したファイルがあれば良いようです)
MACの無い方はここだけどなたかに頼んで用意してください。
次に、有料になりますが以下のソフトを使用します。
iOS Build Environment(US$45=5100円くらい)
http://www.pmbaty.com/iosbuildenv/

ちゃんと動作確認が出来る迄は体験版で試してみると良いです。
こちらをインストールすると、以下のフォルダ
C:\Users\ユーザー名\iOS Build Environment\MigrationAssistant
に2つのファイルが出来てるのでUSBメモリーにコピーします。
USBメモリーをXcodeの入ったMACに刺して
Migration assistant (step 1, Mac).command
を実行すると、USBメモリーの中にSDK.zipが出来れば大丈夫です。
USBメモリーをWindowsに刺して
Migration assistant (step 2, PC).cmd
を実行すると自動で展開してくれます。
unity-builderを起動してBuild

出来たipaをiTuneでiPhoneに送れば終了です。
あくまでも自分のアプリ確認用に使うだけなので
正規にアプリを申請する場合は
ちゃんとMAC買って行いましょうね。